政府部門整併公協會與財團法人呼聲不斷，特別是工研院與資策會更是被點名合併的兩大研究法人。

而今年才兼任資策會執行長的工研院院長劉仲明，106年4月即將屆齡退休，兩大法人機構盛傳，台大應用力學研究所教授張培仁極有可能在明年接替劉仲明空出的位子，成為下任工研院長兼資策會執行長。張曾任台大主祕，由於包含傳產、ICT在內等跨領域整合能力強，因此高層有意借重其專才。工研院內高層已有傳聞指出，未來仍是極有可能走向整併之路。

合併的消息也不斷在工研院及資策會內部流傳。有關於對合併的看法，除了因雙方組織結構及文化等因素的差異性無法短期促成外，與一般員工息息相關的福利與薪資水準亦不相同；據任職資策會員工則表示，未來有望合併後若薪資福利條件比照工研院的話，不止每年特休將增加，薪水也有機會向上調整。

另外，資策會的相關人事案異動，今年9月19日公佈副執行長龔仁文因另有任用，卸任副執行長職務，資訊長戴豪君也卸下資訊長一職，資策會即刻宣布，合聘工研院余孝先擔任資策會副執行長職務。

先前兼任資策會執行長的工研院院長劉仲明博士，加上目前副執行長余孝先擔任資策會的副執行長，兩位人事安排都是由工研院調派兼任，工研院內部已有傳聞未來整併方向將愈來愈明朗。雖然經濟部一再澄清近期沒有工研院與資策會合併的規劃，但最高階主管幾乎已全數由工研院主管兼任，已為日後整併打下基礎。

除資策會執行長與副執行長的人事安排外，資策會創研所所長楊仁達也由雙方合聘，延攬擔任工研院服務系統科技中心主任一職，展開人才交流，資策會就表示人事案象徵著軟硬整合、工研院及資策會研發主管的交流，以及推動兩大法人的深度合作。

不過也有高層人士表示，工研院與資策會為二大重要法人機構，新政府希望先促成這兩大法人機構建立合作機制，建立轉型合作典範，帶動其他法人機構合作，但未來創新合作機制落實後，工研院長與資策會執行長將未必是同一人。