2016年1月16日大選後，行政院長毛治國以為敗選負責為由率內閣總辭，並且堅持不接受總統慰留；另一方面，因民進黨不接受多數黨組閣的提議，最後馬總統只好認命張善政為行政院長，在520政權交接前，帶領行政團隊繼續擔負治理國家的責任。

在520政權交接之前，雖然行政院長仍是憲法規定最高的行政首長，可依照憲法賦予的職權進行施政，然而依據憲法規定，行政院應向代表民意的立法院負責，所以任何重大政策的推動，內閣也必須取得立法院的同意，方得順利推動。因此新任立法委員在2月1日就職時，張善政院長即前往立法院拜會立法院長蘇嘉全，就重大政策進行意見交換，以爭取立法院的支持。並清楚表明立場，如相關重大政策未獲立法院支持或同意，行政院即暫停推動，留待520後再續行推動。因此一些重大但具爭議性的政策即被擱置，包括兩岸貨貿的談判、5年千億的新世代高教藍圖計畫等。

此外，為了政權順利交接，施政無縫接軌，行政院也開始進行業務盤點，並和民進黨的交接小組持續協商，務使政府施政不致因政權轉換產生動盪，對臺灣民眾的權益與生活造成不利影響。所以，現行行政院長及部會首長僅能善盡看守內閣的職責，深怕有任何舉措造成民進黨誤解，使政權交接憑添許多波折。

不過，政權輪替是民主政治的常態，臺灣已進行過2次政權輪替，所以社會各界應以平常心來看待此事，如何交接、交接哪些事情，該制度化的就制度化，不必以此製造紛爭或不安。此外，文官體系的中立角色也應受尊重，不應隨著執政者的更迭而有大幅度的異動，如此不僅使政策推動困難度提高、文官培育易出現斷層，更會使文官心生疑懼，做事更加瞻前顧後、畏首畏尾，不只會破壞文官體系的穩定性，更非國家社會及全民之福，2次政權輪替使大批成熟、歷練完整的文官流失的慘痛經驗千萬不要再發生。