內政部計畫發行結合健保卡等功能的晶片身分證，將為政府帶來運作成本低、效率高，民眾使用方便，減少卡片數目等優點，但也有部分人士指出個資安全的問題，希望政府先對這方面善加規範後再實施。

中研院資訊科學研究所副研究員莊庭瑞指出，他比較擔心實施多卡合一後，所有行政機關，都可掌握、存取民眾的所有資料。舉例來說，健保署不再只有民眾病歷資料，也有所得稅資料等，並做其主管業務外使用。

在行政院服務的資深網路工程師王景弘則認為，一般證件主要有「服務識別」和「身分識別」兩種功能，服務識別是為證明民眾具有某種資格，例如駕照；而身份識別則是為了「確認是你本人」，像是有貼照片的證件。所以，只要將證件的「服務識別」和「身分識別」功能分開，就不致有太大問題。

王景弘進一步說，若擔心一卡通身分證遺失遭冒用，就讓卡片本身只具備識別身分功能，而不保存民眾身家資料，他比喻這像是「不帶資料的門禁卡」，就算掉了被人撿到，對方也不知道可以開哪家、哪扇門。