經濟部9月頒布「經濟部公告特定地區整體變更編定為丁種建築用地興辦事業計畫審查作業要點」，引來環保團體質疑「非法工廠就地合法化」、「炒地皮」等批評聲浪，為了釋疑24日經濟部特地召開「未登記工廠合法化公聽會」，但整場公聽會只邀請廠商，並未見到違章工廠附近任何一位居民，當場被指「程序有問題」。

以公民團體身份出席的臺灣農陣協會陳平軒發言時直指，「違章工廠附近居民可能受到環境的影響，為什麼公聽會沒有邀請他們來？」，他要求經濟部應至違章工廠所在的186個特定區，召開186場公聽會，蒐集意見後再討論特定區劃設是否合理。

稍早，環團舉辦記者會時也針對公聽會表示看法，台灣蠻野心足生態協會秘書長謝孟羽律師表示，一旦法令將影響或限制人民的權利，都應該給予一定程度的程序保障，包括了事前的資訊充分揭露公開、事中程序參與意見陳述或同意權行使、以及事後的司法救濟，尤其是所涉及的基本權利更重要或者影響程度更大，程序保障的要求更要提高。

在農地上非法蓋工廠是歷史陳痾，為了解決問題，經部先是通過《工廠管理輔導法》增訂第33、34條，然後欲進一步促成工廠就地合法，根據9月公告的《要點》，186個特定地區中，44個一般農業區裡的違章工廠，在取得臨時工廠登記下，可向地方政府申請變更為丁種建築用地。

公聽會上，政府不斷強調此項政策兼顧產業發展與環境保護，另一方環團擔心的是，整體國土規劃上規定農地必須農用的最後底線不斷遭到退讓，陳平軒就提出諫言，如果經濟發展是不斷地建立在突破法規、犧牲環境之上，這樣的發展相信是沒有國際競爭力的。