1998年，有「黑熊媽媽」之稱的屏東科技大學教授黃美秀，開始在玉山國家公園大分地區進行臺灣黑熊研究。她的研究揭開了臺灣黑熊的神秘面紗，但也呈現臺灣黑熊的悲慘命運。15隻捕捉繫放的黑熊中，有8隻斷肢或斷掌。她辛苦的研究過程、與布農獵人林淵源的互動及合作，都是黑熊森林這部紀錄片的呈現重點。