iPhone 6s採用台積電及三星供應的A9處理器，台積電採用16奈米製程，三星採用14奈米製程，一般來說較小製程其效能應該更好，但根據網友實測，台積電的續航力及效能都比三星來得優秀，引爆台港果粉大聲疾呼「就是要台積電」，且蘋果未於包裝上明確標示，香港果粉串聯發動退貨潮。
才剛上市的蘋果iPhone 6s驚傳有過熱問題，會致閃光燈失靈，網友酸「冬季跨年必備保溫」。另一派死忠果粉回應「iPhone 目前"熱銷"中，不要質疑蘋果神機，他是無敵的！最保值的神機！」，「哪隻手機不會過熱的？」。
iPhone的配件無奇不有，不過這一款外接鏡頭卻特別的與眾不同，西班牙科技團隊Shot研發了一款名為Shot的外接鏡頭，能讓iPhone擁有拍攝虛擬實境的能力。